La sterigmatocistina è presente nel metabolismo dei funghi come precursore delle aflatossine, cui è pertanto affine. Proprio come le aflatossine, la sterigmatocistina è prodotta da oltre 50 tipi di funghi, tra cui quelli del genere Aspergillus; essa è tuttavia meno comune delle aflatossine.
La sterigmatocistina è stata rilevata nei cereali e nei loro derivati e in prodotti come il formaggio, il caffè crudo e le spezie, anche se i dati sulla sua presenza negli alimenti sono piuttosto scarsi. Nel 2013 è stato chiesto al comitato EFSA per le contaminazioni nella catena alimentare di valutare il rischio per la salute dell’uomo e degli animali in relazione alla presenza di sterigmatocistina negli alimenti e nei mangimi per animali. I prodotti esaminati erano: