La esterigmatocistina se produce durante el metabolismo de los hongos en forma de precursora de las aflatoxinas, por lo que ambas están estructuralmente relacionadas. Al igual que ocurre con la aflatoxina, la esterigmatocistina está presente en más de 50 tipos de hongos, incluida la especie Aspergillus; sin embargo, es menos común que la aflatoxina.
La esterigmatocistina se ha detectado en cereales y productos derivados de los cereales, así como en otros productos como el queso, el café crudo y las especias, aunque los datos disponibles sobre su presencia en los alimentos son muy limitados. En 2013, se pidió al comité sobre contaminación en la cadena alimentaria de la EFSA que evaluara el riesgo que supone la esterigmatocistina de los alimentos y el pienso para la salud de los seres humanos y los animales. Entre los productos examinados cabe destacar los siguientes: